Webで実践　生物学情報リテラシー

1　分子生物学データベースを利用してみよう
　実習の前に
　　分子生物学データベースの基礎知識
　　分子生物学データベース
　　パスウェイデータベース
　実習
　　実習1　タンパク質配列データ取得
　　実習2　タンパク質立体構造データ検索
　　実習3　遺伝子情報の検索
　　実習4　ゲノム種別配列の取得
　参考文献および関連サイト

2　配列を比較してみよう
　実習の前に
　　配列を比較する意味
　　配列を比較する方法
　　生物学的意味を持つ文字（アミノ酸残基）置換
　　相同性配列検索
　　多重配列アラインメント
　　系統樹解析
　実習
　　実習1　相同性配列検索
　　実習2　多重配列アラインメント
　　実習3　プライマー設計
　参考文献および関連サイト

3　タンパク質の立体構造を予測してみよう
　実習の前に
　　タンパク質立体構造予測
　　予測構造の評価
　　タンパク質−タンパク質複合体予測
　実習
　　実習1　ホモロジーモデリング法
　　実習2　タンパク質−タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測
　　実習3　タンパク質折りたたみ体験
　参考文献および関連サイト

4　文献データベースを活用してみよう
　実習の前に
　　Entrez：分子生物学データ統合検索システム
　実習
　　実習1　指定した論文の検索
　　実習2　Advanced機能による検索
　　実習3　MeSH項を利用した広域論文の検索
　　実習4　My NCBIによる個人設定
　参考文献および関連サイト

5　配列情報からタンパク質の機能を予測してみよう
　実習の前に
　　遺伝子オントロジー
　　モチーフデータベース
　　モチーフの表現方法
　　膜貫通領域の推定
　　シグナルペプチドの予測
　　細胞内局在予測
　実習
　　実習1　モチーフ検索
　　実習2　シグナルペプチド予測
　　実習3　細胞内局在予測
　　実習4　膜タンパク質予測
　参考文献および関連サイト

6　立体構造情報からタンパク質の機能を予測してみよう
　実習の前に
　　タンパク質の立体構造情報と機能
　　立体構造モチーフ
　　タンパク質の折りたたみ様式
　実習
　　実習1　活性ポケット候補部位探索
　　実習2　リガンド結合および活性部位予測
　　実習3　静電ポテンシャル解析
　参考文献および関連サイト

7　ゲノムデータを閲覧してみよう
　実習の前に
　　ゲノム地図の作成と塩基配列の決定
　　ゲノム配列を調べる
　　ゲノムデータの閲覧ツール：ゲノムブラウザ
　　これからのゲノム解析
　実習
　　実習1　ゲノムプロジェクト検索
　　実習2　遺伝子検索
　参考文献および関連サイト

8　生物情報をネットワークで眺めてみよう
　実習の前に
　　生体ネットワークの種類と表現方法
　　ネットワークの解析方法：次数分布とスケールフリー性
　　ネットワークの解析方法：クラスター係数
　実習
　　実習1　代謝データベース検索
　　実習2　化合物、遺伝子情報検索
　　実習3　ネットワークの可視化と編集
　参考文献および関連サイト

9　創薬研究に情報科学を活用してみよう
　実習の前に
　　LBDDとSBDD
　　LBDDによるインシリコスクリーニング
　　SBDDによるインシリコスクリーニング
　実習
　　実習1　化合物類似性検索
　　実習2　タンパク質と化合物のドッキング計算
　参考文献および関連サイト

10　生物情報リテラシーに残された課題
　　生物情報に対する研究の歩み
　　バイオインフォマティクスの残された課題
　　問題解決への仮説
　　仮説を裏付ける若干の証拠
　参考文献および関連サイト

付録　バイオインフォマティクス関連webサイト

索引